L’agent américain du FBI David Brandt (Viggo Mortensen) travaille sous couverture sous l’identité de Nick Davis, un ancien détenu mort en isolement, dans un entrepôt de Los Angeles appartenant à la famille Tendo afin d’infiltrer leurs opérations. Après avoir sauvé la vie de l’un des chefs de la famille, Shuji Sawamoto (Ryo Ishibashi), ce dernier l’accueille au sein de l’organisation criminelle. Lors de sa présentation, Sawamoto emmène Brandt assister à l’exécution d’Okazai (Fritz Mashimo), un traître présumé, à l’aide d’un broyeur à bois, puis interrompt l’exécution à la dernière minute. Après le départ de Sawamoto et Brandt, l’homme est abattu par les membres restants des Yakuzas. Pour sa première mission, Brandt est chargé de superviser une réunion entre Sawamoto et Dino Campanela (Michael Nouri), soupçonné par Sawamoto d’avoir organisé la tentative d’assassinat. Campanela nie toute implication dans l’attentat et ordonne à ses subordonnés d’éliminer la famille Tendo. Plus tard, Sawamoto invite Brandt à un repas de famille. Brandt, grossier et peu familier avec les coutumes japonaises, commente le repas en disant : « Je croyais que vous mangiez par terre. » Kazuo (Yuji Okumoto), l’un des hommes de Sawamoto, se méfie immédiatement de Brandt et le trouve trop bronzé pour quelqu’un qui aurait passé l’année dernière en isolement. Brandt affirme alors qu’il est un quart Apache. La tension monte avec Kazuo après que Brandt ait surnommé Sawamoto, et Sawamoto doit intervenir avant qu’une altercation physique ne se produise entre eux.
Plus tard, Brandt retrouve Sam (Franklyn Ajaye), un autre agent du FBI, et tous deux font le point sur l’enquête. Sam révèle qu’Okazaki était également agent du FBI et a été assassiné par les Yakuzas. Avant le départ de Brandt, Sam lui ordonne de « faire tout ce qu’il faut » pour rester dans les bonnes grâces de la famille Tendo. Après son départ, Brandt découvre qu’un Yakuza le suit et affronte Sawamoto. Au cours de la confrontation, Sawamoto critique les mauvaises manières de Brandt, et Brandt rend le sabre de samouraï que Sawamoto a perdu lors de la tentative d’assassinat.
Au bureau du FBI, Sam et le directeur, Littmann (Robert Forster), discutent du rôle de Brandt dans l’affaire. Le directeur se méfie de la loyauté de Brandt, mais Sam le défend ardemment, affirmant qu’il lui restera fidèle car il n’a aucun lien familial ou personnel en dehors du FBI. Cette dispute ne parvient guère à convaincre Littman.
Pendant ce temps, Brandt et les Yakuzas se lient d’amitié en se rendant dans un entrepôt où se déroule un trafic d’armes. Une fois arrivés, les Yakuzas pénètrent dans le bâtiment, tandis que Brandt reste à l’extérieur pour servir de chauffeur. Le trafic d’armes s’avère être une opération d’infiltration du FBI montée par le bureau de Brandt. Brandt ignore l’opération, et les agents du FBI ignorent qu’il est infiltré et tentent de l’appréhender. Bien que Brandt se présente comme agent du FBI, ces derniers continuent de tirer sur lui. Brant riposte et abat l’un des agents, sans le tuer, avant de s’enfuir.
Brandt et les survivants des Yakuzas récupèrent l’argent et rapportent l’incident à Sawamoto. Sawamoto récompense Brandt en lui offrant une grande maison vide. Brandt jette un regard découragé autour de la pièce. Lorsque Sawamoto lui demande si la maison ne lui convient pas, Brandt lui répond qu’elle est spacieuse pour une seule personne. Sawamoto affirme que cela pourrait bientôt changer.
Lorsque Brandt retrouve Sam, ce dernier est furieux que Brandt ait abattu trois agents du FBI. Brandt demande à Sam de le retirer de l’affaire s’il n’est pas satisfait de son travail. Sam refuse et informe Brandt que Littman se méfie de sa loyauté. Lorsque Sam l’interroge à ce sujet, Brandt refuse de donner une réponse directe.
La fois suivante où Brandt retourne dans sa nouvelle maison, Yuko (Anzu Lawson) est dans son salon et explique qu’elle est sa décoratrice d’intérieur. Brandt lui demande si elle travaille pour Sawamoto. Elle nie travailler pour Sawamoto et affirme être sa filleule.
De retour chez Campanela, Campanela et Vic (Nicky Katt) discutent de la place de Vic dans la mafia. Vic dit à Campanela qu’il veut du respect ; Campanela assure qu’il l’obtiendra après avoir éliminé la famille Tendo.
Dans la scène suivante, Sawamoto et Brandt sont dans une boîte de nuit et discutent de la manière d’attirer l’attention des Yakuzas. Brandt mentionne qu’un ami de la police des frontières pourrait être disposé à aider les Yakuzas à importer de la contrebande. Sawamoto exprime son intérêt pour une rencontre avec l’ami de Brandt, et Brandt accepte d’organiser une rencontre. Sawamoto remarque que Brandt fixe Yuko de l’autre côté de la pièce et l’encourage à aller lui parler. Brandt s’exécute, et tous deux dansent un slow. Lorsque Brandt tente de l’attirer, elle s’éloigne. Brandt lui demande s’il lui a marché sur le pied ou si son haleine la gêne, et elle lui répond gentiment que c’est parce qu’ils sont en public. De retour à la table, Aya (Saiko Isshiki) discute avec Sawamoto. Brandt lui demande s’ils sont en couple. Yuko confirme qu’ils sont « très spéciaux » l’un pour l’autre, mais qu’ils ne se marieront jamais pour la sécurité d’Aya. Brandt exprime son désaccord avec leur décision et affirme qu’il ne voudrait pas cacher son bonheur ainsi. Yuko accepte et autorise Brandt à danser près d’elle.
Sam, infiltré sous le nom de Bill Jenkins, agent de la police des frontières, rencontre Brandt, Sawamoto et plusieurs membres des Yakuzas en plein désert. Bien que Sawamoto exprime des inquiétudes au sujet de Jenkins, il fait confiance au jugement de Brandt.
De retour chez Brandt, Yuko décore le salon tandis que Brandt regarde depuis le canapé. Pendant que le couple s’embrasse, Kazuo frappe à la porte et emmène Brandt chez Sawamoto, où il rejoint officiellement les Yakuza. De retour chez Brandt, Yuko et lui font l’amour.
Le lendemain matin, alors qu’il se promenait, les mêmes agents du FBI qui ont attaqué Brandt lors de l’opération d’infiltration le poussent dans une voiture banalisée et l’emmènent au bureau du FBI. Littman informe Brandt que les hommes de Campanela prévoient d’exterminer les Yakuzas de la région et que le FBI va les y autoriser. Brandt proteste et sort en trombe du bureau. Sam le suit et lui donne des billets d’avion pour Hawaï afin d’attendre la fin des exécutions. Brandt se précipite chez lui où deux hommes de Campanela l’attendent pour lui tendre une embuscade. Bien qu’il tue les deux agresseurs, il ne parvient pas à sauver Yuko, qui se vide de son sang alors qu’il tient son corps. Pendant ce temps, presque tous les autres Yakuzas sont assassinés, sauf Sawamoto. Brandt rencontre Sawamoto et tous deux attaquent Campanela et ses hommes le soir même, alors qu’ils célèbrent l’extermination des Yakuzas. Lors de la fusillade qui s’ensuit, Sawamoto est mortellement blessé. Brandt révèle qu’il est un agent infiltré du FBI alors que Sawamoto est mourant. Sawamoto prend la nouvelle avec enthousiasme et demande à Brandt son vrai nom. Lorsque Brandt le lui révèle, Sawamoto répond qu’il préfère Nick. Campanela entre dans la pièce et tire sur Brandt, qui le défenestre ensuite, le tuant. Brandt s’accroche à Sawamoto, qui lui annonce qu’ils seront réunis dans l’au-delà avant de mourir. Alors que le FBI commence à infiltrer le complexe, Brandt ramasse le corps de Sawamoto et le descend. Le film se termine avec Brandt portant le corps de Sawamoto à l’extérieur et devant Sam.